台美間因入聯公投議題發生齟齬已有一段時間。過程中，美方責怪台灣冒進，不考慮美國對伊戰爭與反恐的需要，台灣則抱怨正因為美方困於對伊戰爭與反恐，導致忽視台灣所面臨的生存危機。台美互信更是脆弱，美方認為台灣總統有更改自身「四不」承諾的嫌疑，而台灣則認為美方一直改變評論台灣「四不」承諾的標準。較悲觀的觀察家甚至認為，台美關係前景並不樂觀。

有論者認為，台美關係現在的問題，是因為雙方對「現狀」存在不同的認知所致。但台美雙方對於現狀的認知一直有差距，因此問題不是有沒有認知差距，而是雙方對於差距存在時的應對與管理方式，能否將認知差距轉化為溝通的機會，還是將認知差異惡化為危機的升級。

反省美日與美韓關係的發展，對於以上問題會很有啟示。冷戰剛結束時，「美日同盟」面臨共同敵人(蘇聯)瓦解，彼此互信因貿易戰而嚴重不足，同盟關係面臨崩盤的危機，但當時美日面對這個問題，不歸咎於彼此領導者的個人因素，而以確認當時環境變化所帶動的結構性因素，作為解決問題的關鍵。這導致1996重新定義「美日同盟」，來確認「美日同盟」在後冷戰時代的角色任務，並為21世紀「美日同盟」的快速發展打下良好基礎。

但同樣是同盟關係的美韓，面對類似問題時，卻多將重點放在政治領導的個人因素上，缺乏對客觀環境的結構性檢討。美方認為盧武炫政權本質反美，韓方認為小布希政府的新保守主義是個危險的因子。這樣的紛圍，導致本質上應屬政策問題的北韓核武問題，提昇為美韓戰略層次的矛盾。結果我們看到即使北韓這個共同敵人依然存在，即使近六成南韓民眾繼續支持「美韓同盟」，但今天「美韓同盟」幾乎不作用，在北韓核武問題上，「美韓同盟」的角色可說是不存在的。

現在對台美關係的檢討，也正犯下同樣的錯誤。在野黨、統媒與部分「親綠評論家」，認為陳總統要為台美關係惡化負全責，並引述過去種種的「意外」來證明台美爭議，是領導者的個人誠信問題。換句話說，換了人就可解決，也看到總統候選人，透過刻意突顯與現任總統作風差異的方式，來附和這樣的指控。但如比較台灣民主化後的台美關係，可發現不管是國民黨的李登輝或是民進黨的陳水扁，現任者在執政後期都多被美方指為「麻煩製造者」。1999因兩國論台美關係進入谷底，8年後台美關係因入聯與公投爭執不休。

也因此與其檢討陳總統個人對台美關係的好壞，還不如先了解在美中台與亞太區域間所出現的結構性變化。與冷戰時代相比，現在台灣是民主崛起，也是世界重要的經濟體，中國則快速邁向成全球強權，美國既是單極獨霸，但也面對全球反恐。這都與在冷戰脈絡下所結構的美中台關係十分不同，更導致既定的台美雙邊網絡，無法處理後冷戰時代複雜多樣的台美任務要求。這也相當程度說明，為何日前陳總統與前美國資深官員的葛林、薛瑞福等人，當發現入聯公投的爭議時，都不約而同提出要檢討既有關係的操作結構，並認為要提昇台美對話層級。

正因為影響台美關係的客觀結構已經出現變化，探討其結構變化與戰略意涵，與歸諸個人作風相比，似乎能更根本的面對問題。到底2008以後的台美關係，會重複美韓同盟還是美日同盟的經驗，端視我們能否以新的認識論來進行檢討。